Um primeiro esboço de conta de saúde para o Brasil, para os anos de 1980 e 1985, foi produzido por pesquisadores vinculados ao Ipea e ao Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE), sendo publicado pelo Ipea no Texto para Discussão n. 370, de 1995, intitulado “Economia Política da Saúde: uma Perspectiva Quantitativa”.

Na década seguinte, as discussões em torno da produção das contas de saúde se intensificaram a partir da realização de seminário internacional em 2000, organizado pelo Ministério da Saúde, no qual foram apresentadas opções metodológicas e experiências internacionais de apuração das contas de saúde. Em 2003, o Departamento de Economia da Saúde (DES) do Ministério da Saúde e o Ipea propuseram, no âmbito do Acordo de Cooperação Técnica Brasil - Reino Unido, um projeto para adaptação das metodologias de Contas para ser aplicado ao Brasil.

O Projeto Contas de Saúde do Brasil, realizado entre março de 2004 e março de 2005, teve participação relevante do Ipea, conforme se pode verificar no Relatório de Atividades do Projeto Economia da Saúde 2002-2005. Esse esforço interinstitucional envolveu um núcleo executivo composto pelo Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE), pesquisadores do Ipea e duas assessoras técnicas. O projeto focou na análise das principais metodologias de contas de saúde, incluindo a conta-satélite da Organização das Nações Unidas (ONU) e as Contas Nacionais de Saúde da Organização para a Cooperação e o Desenvolvimento Econômico (OCDE), e tratou dos aspectos operacionais para sua implementação. Como resultado desse trabalho, o Comitê Gestor e o Grupo Executivo de Contas de Saúde do Brasil, instituídos em 2006, optaram por implementar, inicialmente, a metodologia da Conta-Satélite de Saúde (CSS), sob a coordenação do IBGE.

Assim, desde 2000, o Ipea participa ativamente das discussões metodológicas e da estimação das contas-satélite de saúde. Paralelamente ao processo de produção das CSS, o instituto contribuiu, até abril de 2024, para o desenvolvimento e a elaboração das contas de saúde segundo a metodologia do System of Health Accounts (SHA), liderada pela Organização para a Cooperação e o Desenvolvimento Econômico (OCDE), com apoio de organizações internacionais como a Organização Mundial da Saúde (OMS). Participou da produção das contas do SUS de 2010 a 2014 e das contas SHA, públicas e privadas, de 2015 a 2019. Atualmente, o Departamento de Economia e Desenvolvimento em Saúde (Desid) do Ministério da Saúde está responsável pela coordenação das contas SHA do Brasil.